Pejabat Pendaftaran Mahkamah Rendah terdiri daripada empat bahagian iaitu Bahagian Pendaftaran Mahkamah Sesyen Sivil, Bahagian Pendaftaran Mahkamah Sesyen Jenayah, Bahagian Pendaftaran Mahkamah Majistret Sivil dan Bahagian Pendaftaran Mahkamah Majistret Jenayah.

Bahagian Pendaftaran Mahkamah Sesyen Sivil 

Bertanggungjawab menawal selia kakitangan Pejabat Pendaftaran Mahkamah Sesyen Sivil dan meluluskan deraf/perintah/penghakiman bagi kes-kes Mahkamah Sesyen. Selain itu, bahagian ini turut meluluskan semua kes Writ Distress dan Saman Penghutang Penghakiman dan Writ Pelaksanaan bagi Mahkamah Sesyen serta meluluskan pendaftaran kes-kes Mahkamah Sesyen Sivil yang baru. Di samping itu, ia juga terlibat dalam pengurusan kes di hadapan Pendaftar bagi kes kali pertama bagi Mahkamah Sesyen Sivil serta menguruskan penyediaan statistik global dan bulanan Mahkamah Sesyen Sivil Negeri Johor.

Bahagian Pendaftaran Mahkamah Sesyen Jenayah 

Bertanggungjawab mengawal selia kakitangan Pejabat Pendaftaran Mahkamah Sesyen Jenayah dan menguruskan jadual bertugas bagi urusan tahanan reman di bawah Seksyen 117 Kanun Acara Jenayah dan permohonan-permohonan lain. Bahagian ini juga turut meluluskan Waran Menahan, Waran Geledah, dan lain-lain permohonan daripada pihak berkuasa dan menandatangani waran tangkap, perintah, saman, buku daftar, dan yang lain-lain berkaitan termasuk urusan jaminan kes-kes tangkap. Selain dari itu, ia juga akan menandatangani dan meluluskan sepina untuk kehadiran saksi ke Mahkamah untuk perbicaraan serta menguruskan penyediaan statistik global dan bulanan Mahkamah Sesyen Jenayah Negeri Johor.

Bahagian Pendaftaran Mahkamah Majistret Sivil 

Bertanggungjawab mengawal selia kakitangan Pejabat Pendaftaran Mahkamah Majistret Sivil dan meluluskan deraf/perintah/penghakiman bagi kes-kes Mahkamah Majistret. Selain itu, bahagian ini turut meluluskan semua kes Writ Distress dan Saman Penghutang Penghakiman dan Writ Pelaksanaan bagi Mahkamah Majistret serta meluluskan pendaftaran kes-kes Mahkamah Majistret Sivil yang baru. Di samping itu, ia juga terlibat dalam pengurusan kes di hadapan Pendaftar bagi kes sebelum prosiding Bicara Penuh serta menguruskan penyediaan statistik global dan bulanan Mahkamah Majistret Sivil Negeri Johor.

Bahagian Pendaftaran Mahkamah Majistret Jenayah 

Bertanggungjawab mengawal selia kakitangan Pejabat Pendaftaran Mahkamah Majistret Jenayah dan menguruskan jadual bertugas bagi urusan tahanan reman di bawah Seksyen 117 Kanun Acara Jenayah dan permohonan-permohonan lain. Bahagian ini juga turut meluluskan Waran Menahan, Waran Geledah, dan lain-lain permohonan daripada pihak berkuasa dan menandatangani waran tangkap, perintah, saman, buku daftar, dan yang lain-lain berkaitan termasuk urusan jaminan kes-kes tangkap. Selain dari itu, ia juga akan menandatangani dan meluluskan sepina untuk kehadiran saksi ke Mahkamah untuk perbicaraan serta menguruskan penyediaan statistik global dan bulanan Mahkamah Majistret Jenayah Negeri Johor.

Pejabat Pendaftaran Mahkamah Rendah terdiri daripada empat bahagian iaitu Bahagian Pendaftaran Mahkamah Sesyen Sivil, Bahagian Pendaftaran Mahkamah Sesyen Jenayah, Bahagian Pendaftaran Mahkamah Majistret Sivil dan Bahagian Pendaftaran Mahkamah Majistret Jenayah.

Bahagian Pendaftaran Mahkamah Sesyen Sivil 

Bertanggungjawab menawal selia kakitangan Pejabat Pendaftaran Mahkamah Sesyen Sivil dan meluluskan deraf/perintah/penghakiman bagi kes-kes Mahkamah Sesyen. Selain itu, bahagian ini turut meluluskan semua kes Writ Distress dan Saman Penghutang Penghakiman dan Writ Pelaksanaan bagi Mahkamah Sesyen serta meluluskan pendaftaran kes-kes Mahkamah Sesyen Sivil yang baru. Di samping itu, ia juga terlibat dalam pengurusan kes di hadapan Pendaftar bagi kes kali pertama bagi Mahkamah Sesyen Sivil serta menguruskan penyediaan statistik global dan bulanan Mahkamah Sesyen Sivil Negeri Johor.

Bahagian Pendaftaran Mahkamah Sesyen Jenayah 

Bertanggungjawab mengawal selia kakitangan Pejabat Pendaftaran Mahkamah Sesyen Jenayah dan menguruskan jadual bertugas bagi urusan tahanan reman di bawah Seksyen 117 Kanun Acara Jenayah dan permohonan-permohonan lain. Bahagian ini juga turut meluluskan Waran Menahan, Waran Geledah, dan lain-lain permohonan daripada pihak berkuasa dan menandatangani waran tangkap, perintah, saman, buku daftar, dan yang lain-lain berkaitan termasuk urusan jaminan kes-kes tangkap. Selain dari itu, ia juga akan menandatangani dan meluluskan sepina untuk kehadiran saksi ke Mahkamah untuk perbicaraan serta menguruskan penyediaan statistik global dan bulanan Mahkamah Sesyen Jenayah Negeri Johor.

Bahagian Pendaftaran Mahkamah Majistret Sivil 

Bertanggungjawab mengawal selia kakitangan Pejabat Pendaftaran Mahkamah Majistret Sivil dan meluluskan deraf/perintah/penghakiman bagi kes-kes Mahkamah Majistret. Selain itu, bahagian ini turut meluluskan semua kes Writ Distress dan Saman Penghutang Penghakiman dan Writ Pelaksanaan bagi Mahkamah Majistret serta meluluskan pendaftaran kes-kes Mahkamah Majistret Sivil yang baru. Di samping itu, ia juga terlibat dalam pengurusan kes di hadapan Pendaftar bagi kes sebelum prosiding Bicara Penuh serta menguruskan penyediaan statistik global dan bulanan Mahkamah Majistret Sivil Negeri Johor.

Bahagian Pendaftaran Mahkamah Majistret Jenayah 

Bertanggungjawab mengawal selia kakitangan Pejabat Pendaftaran Mahkamah Majistret Jenayah dan menguruskan jadual bertugas bagi urusan tahanan reman di bawah Seksyen 117 Kanun Acara Jenayah dan permohonan-permohonan lain. Bahagian ini juga turut meluluskan Waran Menahan, Waran Geledah, dan lain-lain permohonan daripada pihak berkuasa dan menandatangani waran tangkap, perintah, saman, buku daftar, dan yang lain-lain berkaitan termasuk urusan jaminan kes-kes tangkap. Selain dari itu, ia juga akan menandatangani dan meluluskan sepina untuk kehadiran saksi ke Mahkamah untuk perbicaraan serta menguruskan penyediaan statistik global dan bulanan Mahkamah Majistret Jenayah Negeri Johor.

Pejabat Pendaftaran Mahkamah Tinggi terdiri daripada dua bahagian iaitu Bahagian Pendaftaran Mahkamah Tinggi Sivil dan Bahagian Pendaftaran Mahkamah Tinggi Jenayah.

Bahagian Pendaftaran Mahkamah Tinggi Sivil 

Bertanggungjawab dalam mengawal selia pendaftaran kes-kes Sivil di Mahkamah Tinggi dan meluluskan deraf perintah/penghakiman juga perintah/penghakiman bagi kes-kes Mahkamah Tinggi. Selain dari itu, bahagian ini juga mengawal selia perjalanan kes-kes Sivil yang didaftarkan di Mahkamah Tinggi serta melaksanakan arahan daripada Pejabat Ketua Pendaftar Mahkamah Persekutuan dari masa ke semasa. Bahagian ini turut menguruskan penyediaan statistik global dan bulanan Mahkamah Tinggi Sivil Johor Bahru.

Bahagian Pendaftaran Mahkamah Tinggi Jenayah 

Bertanggungjawab dalam mengawal selia pendaftaran kes-kes Jenayah di Mahkamah Tinggi dan meluluskan deraf Perintah/Penghakiman juga Perintah/Penghakiman bagi kes-kes Mahkamah Tinggi. Selain dari itu, bahagian ini juga mengawal selia perjalanan kes-kes jenayah dan lantikan peguam-peguam lantikkan Mahkamah, lantikkan Mahkamah untuk Orang Kena Tuduh (OKT) dengan pertuduhan yang membawa kepada hukuman mati mandatori sepertimana Arahan Amalan Bil.1 Tahun 2017. Di samping itu, bahagian ini turut terlibat dalam mengawal selia pendaftaran kes-kes rayuan dari Mahkamah Rendah dan menguruskan penyediaan statistik global dan bulanan Mahkamah Tinggi Jenayah Johor Bahru serta melaksanakan arahan daripada Pejabat Ketua Pendaftar Mahkamah Persekutuan.

Pejabat Pendaftaran Mahkamah Tinggi terdiri daripada dua bahagian iaitu Bahagian Pendaftaran Mahkamah Tinggi Sivil dan Bahagian Pendaftaran Mahkamah Tinggi Jenayah.

Bahagian Pendaftaran Mahkamah Tinggi Sivil 

Bertanggungjawab dalam mengawal selia pendaftaran kes-kes Sivil di Mahkamah Tinggi dan meluluskan deraf perintah/penghakiman juga perintah/penghakiman bagi kes-kes Mahkamah Tinggi. Selain dari itu, bahagian ini juga mengawal selia perjalanan kes-kes Sivil yang didaftarkan di Mahkamah Tinggi serta melaksanakan arahan daripada Pejabat Ketua Pendaftar Mahkamah Persekutuan dari masa ke semasa. Bahagian ini turut menguruskan penyediaan statistik global dan bulanan Mahkamah Tinggi Sivil Johor Bahru.

Bahagian Pendaftaran Mahkamah Tinggi Jenayah 

Bertanggungjawab dalam mengawal selia pendaftaran kes-kes Jenayah di Mahkamah Tinggi dan meluluskan deraf Perintah/Penghakiman juga Perintah/Penghakiman bagi kes-kes Mahkamah Tinggi. Selain dari itu, bahagian ini juga mengawal selia perjalanan kes-kes jenayah dan lantikan peguam-peguam lantikkan Mahkamah, lantikkan Mahkamah untuk Orang Kena Tuduh (OKT) dengan pertuduhan yang membawa kepada hukuman mati mandatori sepertimana Arahan Amalan Bil.1 Tahun 2017. Di samping itu, bahagian ini turut terlibat dalam mengawal selia pendaftaran kes-kes rayuan dari Mahkamah Rendah dan menguruskan penyediaan statistik global dan bulanan Mahkamah Tinggi Jenayah Johor Bahru serta melaksanakan arahan daripada Pejabat Ketua Pendaftar Mahkamah Persekutuan.