Sistem kehakiman di Johor Bahru bermula dengan Mahkamah Polis berdasarkan kuatkuasa Kanun Polis Johor 1873. Mahkamah Tinggi (Supreme Court) diwujudkan pada tahun 1883. Seorang ulama iaitu Haji Muhamad Salleh dilantik sebagai Hakim dibantu oleh Mufti Kerajaan Syed Salim al-Attas sebagai Penasihat Undang-Undang Islam. Pentadbiran harian Mahkamah dijalankan oleh Mubin Ibrahim sebagai Pendaftar Mahkamah serta beberapa orang kerani dan juga seorang jurubahasa Cina bernama Eoo Joo Guan.
Berikutan kemasukan buruh-buruh dari India, pada tahun 1888 kerajaan mengambil Tambi Sabr Ali sebagai Jurubahasa Tamil. Dipercayai kitab-kitab Hukum Syarak digunakan sebagai panduan Hakim berikutan Undang-undang Keadilan Johor berteraskan Hukum-hukum Islam seperti Kitab Perhimpunan Hukum-hukum Syarak al-Islam. Sistem kehakiman di Johor sehingga tahun 1911 dikendalikan oleh pegawai Bumiputera manakala pegawai Inggeris khususnya Penasihat Undang-Undang diwartakan sebagai Hakim Mahkamah Tinggi bagi membicarakan hal kes yang melibatkan orang Eropah sahaja.
Selaras dengan Islam sebagai agama negeri, Hakim Besar ialah Datuk Haji Abdullah Musa; yang juga merupakan Mufti Johor. Malah bekas Penolong Kadi Johor Ungku Omar Ahmad, dilantik sebagai Majistret Endau di samping tugasnya sebgai Timbalan Pesuruhjaya Kerajaan Endau. Semasa pemerintahan Sultan Ibrahim, Majallah Al-Ahkam Al-‘Adliyyah yang dilaksanakan oleh Kerajaan Uthmaniyyah Turki pada kurun ke-19 telah diterjemahkan ke dalam bahasa Melayu. Kod tersebut lebih dikenali sebagai Majalah Ahkam Johor serta dijadikan panduan rasmi bagi hukum syara’ di Johor pada tahun 1913.
Mahkamah-mahkamah sivil di Malaysia secara umumnya dibahagikan kepada beberapa jenis mengikut undang-undang penubuhannya. Misalnya, Akta Mahkamah Rendah 1948 memperuntukkan kepada penubuhan Mahkamah Majistret dan Mahkamah Sesyen. Manakala Akta Mahkamah Kehakiman 1964 pula memperuntukkan kepada penubuhan Mahkamah Tinggi, Mahkamah Rayuan dan Mahkamah Persekutuan. Pembahagian Mahkamah sebegini adalah kerana masing-masing adalah tertakluk kepada bidangkuasa tersendiri.
Struktur Badan Kehakiman Malaysia boleh dipecahkan pada dua bahagian iaitu Mahkamah Atasan dan Mahkamah Rendah. Mahkamah tertinggi di Malaysia adalah Mahkamah Persekutuan diikuti dengan Mahkamah Rayuan, Mahkamah Tinggi Malaya dan Mahkamah Tinggi Sabah dan Sarawak. Mahkamah Rendah pula terdiri daripada Mahkamah Sesyen dan Mahkamah Majistret. Mahkamah Khas ditubuhkan melalui Perlembagaan Persekutuan pada 20 Mac 1993 dan mempunyai bidang kuasa untuk membicarakan tindakan sivil atau jenayah yang dimulakan oleh atau terhadap Seri Paduka Baginda Yang di-Pertuan Agong atau Raja-Raja Melayu yang lain.
Berhubung dengan prosiding pula, setiap Mahkamah mempunyai prosiding yang tersendiri dan diseliakan melalui peraturan-peraturan yang berasingan. Prosedur perbicaraan jenayah di Mahkamah Rendah dan Mahkamah Tinggi ditentukan berdasarkan Kanun Acara Jenayah. Pada bulan Ogos 2012, suatu peraturan baru iaitu Kaedah-Kaedah Mahkamah 2012 telah digubal bagi menggabungkan peraturan-peraturan berhubung prosiding kes sivil di Mahkamah Majistret, Mahkamah Sesyen dan Mahkamah Tinggi.
Kini, mahkamah-mahkamah di negeri Johor dapat di bahagikan kepada dua bahagian iaitu Mahkamah Johor Utara dan Mahkamah Johor Selatan. Untuk Mahkamah Johor Utara ia merangkumi beberapa buah daerah di utara Johor seperti Muar, Segamat, Kluang, Tangkak dan Batu Pahat. Manakala untuk Mahkamah Johor Selata ia merangkumi Johor Bahru, Kota Tinggi, Kulai dan Pontian.
Mahkamah Sesyen dan Mahkamah Majistret Johor
