Pejabat Pendaftaran Mahkamah Tinggi terdiri daripada dua bahagian iaitu Bahagian Pendaftaran Mahkamah Tinggi Sivil dan Bahagian Pendaftaran Mahkamah Tinggi Jenayah.

Bahagian Pendaftaran Mahkamah Tinggi Sivil 

Bertanggungjawab dalam mengawal selia pendaftaran kes-kes Sivil di Mahkamah Tinggi dan meluluskan deraf perintah/penghakiman juga perintah/penghakiman bagi kes-kes Mahkamah Tinggi. Selain dari itu, bahagian ini juga mengawal selia perjalanan kes-kes Sivil yang didaftarkan di Mahkamah Tinggi serta melaksanakan arahan daripada Pejabat Ketua Pendaftar Mahkamah Persekutuan dari masa ke semasa. Bahagian ini turut menguruskan penyediaan statistik global dan bulanan Mahkamah Tinggi Sivil Johor Bahru.

Bahagian Pendaftaran Mahkamah Tinggi Jenayah 

Bertanggungjawab dalam mengawal selia pendaftaran kes-kes Jenayah di Mahkamah Tinggi dan meluluskan deraf Perintah/Penghakiman juga Perintah/Penghakiman bagi kes-kes Mahkamah Tinggi. Selain dari itu, bahagian ini juga mengawal selia perjalanan kes-kes jenayah dan lantikan peguam-peguam lantikkan Mahkamah, lantikkan Mahkamah untuk Orang Kena Tuduh (OKT) dengan pertuduhan yang membawa kepada hukuman mati mandatori sepertimana Arahan Amalan Bil.1 Tahun 2017. Di samping itu, bahagian ini turut terlibat dalam mengawal selia pendaftaran kes-kes rayuan dari Mahkamah Rendah dan menguruskan penyediaan statistik global dan bulanan Mahkamah Tinggi Jenayah Johor Bahru serta melaksanakan arahan daripada Pejabat Ketua Pendaftar Mahkamah Persekutuan.