Pejabat Pendaftaran Mahkamah Rendah terdiri daripada empat bahagian iaitu Bahagian Pendaftaran Mahkamah Majistret Sivil dan Bahagian Pendaftaran Mahkamah Majistret Jenayah.

Bahagian Pendaftaran Mahkamah Majistret Sivil 

Bertanggungjawab mengawal selia kakitangan Pejabat Pendaftaran Mahkamah Majistret Sivil dan meluluskan deraf/perintah/penghakiman bagi kes-kes Mahkamah Majistret. Selain itu, bahagian ini turut meluluskan semua kes Writ Distress dan Saman Penghutang Penghakiman dan Writ Pelaksanaan bagi Mahkamah Majistret serta meluluskan pendaftaran kes-kes Mahkamah Majistret Sivil yang baru. Di samping itu, ia juga terlibat dalam pengurusan kes di hadapan Pendaftar bagi kes sebelum prosiding Bicara Penuh serta menguruskan penyediaan statistik global dan bulanan Mahkamah Majistret Sivil Negeri Johor.

Bahagian Pendaftaran Mahkamah Majistret Jenayah 

Bertanggungjawab mengawal selia kakitangan Pejabat Pendaftaran Mahkamah Majistret Jenayah dan menguruskan jadual bertugas bagi urusan tahanan reman di bawah Seksyen 117 Kanun Acara Jenayah dan permohonan-permohonan lain. Bahagian ini juga turut meluluskan Waran Menahan, Waran Geledah, dan lain-lain permohonan daripada pihak berkuasa dan menandatangani waran tangkap, perintah, saman, buku daftar, dan yang lain-lain berkaitan termasuk urusan jaminan kes-kes tangkap. Selain dari itu, ia juga akan menandatangani dan meluluskan sepina untuk kehadiran saksi ke Mahkamah untuk perbicaraan serta menguruskan penyediaan statistik global dan bulanan Mahkamah Majistret Jenayah Negeri Johor.